《某科学的一方通行》的舞台是一个令人叹为观止的巨大“学园都市”，位于东京西部的这座城市里，有着超能力开发的特殊课程，是各种异能者的聚集地。这座城市的总人口达到230万人，其中约8成是学生，每个学生都有着从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。而在这个拥有无数强者的学园都市里，最强的能力者就是一方通行。他是仅有的7位“超能力者”中的第一，他的力量远超其他人，使他可以居高临下地俯视所有人。他的日常充满着血腥和杀戮，他不断地重复着各种脱离常轨的“实验”，并在追求至高无上的力量时品尝到了惨烈的失败。但是，在他与一位少女——最后之作的相遇之后，他的命运发生了翻天覆地的变化。他化身为最强而最凶的恶，扫平学园都市的黑暗，成为了学园都市中无人能及的存在！g