柟某天，小新（矢岛晶子配音）漫步在河堤上，竟意外捡到了一瓶闪耀着神秘光芒的液体，将其带回家放进了冰箱。天降机缘，美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）竟在不经意间饮下这神秘液体，结果第二天居然发生了不可思议的变异，他们转眼间化身成了神奇动物。 随后，一个神秘莫测的环保组织SKBE突然现身，掳走了小新一家，而领头的意想不到的竟是双叶里的里长四膳守（山寺宏一配音）。原来，四膳守原是一名激进至极的环保主义者，谋图通过一种神奇药物将破坏环境的人类全数转变为动物。小新所捡到的神秘液体，竟是这药物测试阶段的产物，四膳守准备将美伢和广志当作实验对象进行研究。 在神秘少女维多利亚（后藤邑子配音）的不期而遇下，小新一行人终于幸运逃脱，他们联手春日部防卫队，誓要揭开四膳守的阴谋，捍卫环境与人类的未来！g